18时45分36秒：监听到无线电的驻日美军横田基地（RAPCON）为了帮助JAL123，指示其改变为美军指定的频率，JAL123则回答失控。TACC提出联络东京进近塔台（羽田机场入场管制无线电），但JAL123拒绝。
18时47分10秒：JAL123请求雷达导引至千叶县木更津市，TACC指示往正东飞行，并询问“能否操纵飞机”，JAL123回答“失控”（Uncontrolable）。之后TACC要求改变通讯频率，JAL123表示收到。
18时48分54秒：记录到机长慌乱的呼吸声，但没人说话。
18时49分：日航利用社内无线电呼叫JAL123达三分钟，但无人回应。
18时53分30秒：TACC与JAL123取得联络，JAL123号班机在无线电中称飞机“失控”。TACC与RAPCON联络，RAPCON告知横田基地已经开始做迫降的准备。TACC通知JAL123联络东京进近塔台，JAL123表示收到。
18时54分25秒：日航使用社内无线电联络JAL123。JAL123请求当前位置，TACC回答其处在羽田西北方55英里（89千米），熊谷正西方25英里（40千米）。
18时55分05秒：东京进近塔台以日语告知JAL123羽田机场和横田基地均做好了迫降的准备，飞航工程师回答“收到”。这是JAL123号班机最后的通讯记录，东京进近塔台在之后询问JAL123未来动向时已无法获得联系。
18时56分：东京进近塔台以及RAPCON均尝试联络JAL123，但无人回应。
18时56分14秒：机内的近地警告系统启动。
18时56分23秒：机体右主翼与后半部接触到树木，机首角度大幅朝下并开始向右倾斜。
18时56分26-28秒：机体后半部接触地面并开始解体（剩余的垂直尾翼与右主翼于此时脱落）滑落至山谷，前半部也以机首朝下的状态大幅度向右翻转。
18时56分30秒：JAL123虽经正副机长及飞航工程师的努力，仍以速度346节（641千米每小时），高度8,400英尺（2,600米）的状态于群马县高天原山山脊翻转坠毁，并引发巨大火势。
18时57分：横田RAPCON通知JAL123：“贵机位于横田西北方35英里（56千米），横田基地为最优先着陆场地”，东京进近塔台联络JAL123请求改变无线电频率，但此时JAL123已坠毁。
